La Orden Franciscana, de quien depende la Custodia, está presente en Tierra Santa desde el año 1217. En 1291, en que la ciudad de Acre, última fortaleza templaria en tales lugares, cae en manos de los musulmanes, los franciscanos, refugiados en Chipre, continuaron ensayando y propagando toda forma posible de presencia en Jerusalem. Así, el papa Juan XXII faculta a la OFM para que envíe todos los años dos frailes a los santos lugares y, aunque los cristianos fueron oficialmente proscritos de Tierra Santa, la OFM continuó presente ejerciendo allí su apostolado.
Hoy la Custodia de Tierra Santa, además de la función primordial de conservar y custodiar los santos lugares cristianos, y de evangelización y promoción de los valores cristianos, tiene otras misiones como: facilitar la oración de los cristianos en los santos lugares, celebraciones litúrgicas en los santuarios, hacer a todos partícipes de la gracia que de ellos emana, atender a los cristianos del país sea cual sea su condición y cristianos extranjeros que trabajan en Tierra Santa, a través de parroquias, escuelas y becas de estudio para los jóvenes, incluso una escuela de música, construcción de casas, reparación de casas en la ciudad vieja de Jerusalem, acceso a viviendas, ayudas a los más pobres y necesitados, etc. También la de guiar y prestar servicio espiritual a los peregrinos de todo el mundo, acoger a los peregrinos mediante el establecimientos de diferentes casas novas (Jerusalem, Belén, Nazaret, Monte Tabor, Ain Karem, Tiberíades…) Estudiar y difundir el mensaje de Tierra Santa por medio de revistas, internet, y sobre todo el Estudio Bíblico Franciscano de Jerusalém. Potenciar el diálogo ecuménico y el interreligioso, etc.
En este convenio ambas órdenes se reconocen mutuamente y expresan su permanente voluntad de estrechar lazos de colaboración para el desarrollo de sus fines comunes que no son otros, en definitiva, que el desarrollo de la doctrina y virtudes cristianas ad maiorem gloriam dei.